La FNCC est dirigée par un conseil d’Administration et un bureau composé de membres représentants les coopératives.
L’assemblée générale de 2020 a reconduit M. Loïc Pelletier au poste de Président de la FNCC pour un mandat de six ans.

Une équipe permanente sous la direction d’Olivier Mugnier Délégué Général œuvre et assure, dans le cadre des orientations fédérales la gestion et le suivi des différentes structures d’appui et d’aide aux coopératives et à leur collaborateurs